अनिरुद्धाचार्य महाराज अपने बयानों को लेकर अक्सर चर्चा में रहते हैं। अब उनका एक बयान महाराज जी भारी पड़ गया। महाराज ने भगवान शिव को लेकर एक ऐसी टिप्पणी कर दी जिसके बाद सारा संत समाज उनके खिलाफ खड़ा हो गया। अनिरुद्ध आचार्य महाराज ने कहा था कि भगवान शिव कृष्ण के साले हैं क्योंकि कृष्ण की शादी उज्जैन में हुई थी।
अनिरुद्धाचार्य की आपत्तिजनक टिप्पणी के सामने आने के बाद परम ज्ञान आश्रम के साधु संतों ने एसपी ऑफिस पहुंचकर एसपी को एक ज्ञापन दिया। जिसमें इस कथा पर प्रतिबंध लगाए जाने की मांग की गई, साधु संतों का कहना था कि सनातन संस्कृति को अपमान करने वाले तथाकथित लोगों का हर संभव विरोध किया जाएगा।
इस विरोध को बढ़ता देख अनिरुद्धाचार्य ने सोशल मीडिया पर वीडियो जारी कर लोगों से माफी मांगी। उन्होंने संत समाज से माफी मांगते हुए कहा कि अगर संतों द्वारा जो बात कही जा रही है मैंने इस तरह की कोई बात नहीं कही है। यदि मेरी वाणी से संतों का दिल दुखा है तो मैं उन संतों के चरणों में अपना मस्तक रखकर करोड़ों-करोड़ों बार क्षमा प्रार्थना करता हूं। हम आपके बच्चे हैं गलती तो बच्चे ही करते हैं और मेरी वाणी से किसी भक्त का संतजन का दिल दुखा हो तो मैं उनसे करोड़ों-करोड़ों बार क्षमा प्रार्थी हूं।