मालेगांव 2008 विस्फोट मामले की सुनवाई में शामिल नहीं होने पर एक विशेष राष्ट्रीय जांच एजेंसी (एनआईए) कोर्ट ने भारतीय जनता पार्टी की सांसद प्रज्ञा सिंह ठाकुर को फटकार लगाई। विशेष अदालत ने मुंबई एनआईए टीम को मामले के आरोपियों में से एक, प्रज्ञा सिंह के स्वास्थ्य का भौतिक सत्यापन करने के लिए एजेंसी की भोपाल टीम तक पहुंचने के लिए कहा है।
कोर्ट ने मेडिकल रिपोर्ट के आधार पर उन्हें आज के लिए छूट दे दी। हालांकि, यह देखते हुए कि सीआरपीसी 313 बयान दर्ज करने में उनकी अनुपस्थिति अदालती कार्यवाही में बाधा डाल रही है और मुकदमे में देरी कर रही है। कोर्ट ने जांच एजेंसी से 8 अप्रैल को उनके स्वास्थ्य के बारे में एक विस्तृत रिपोर्ट दाखिल करने को कहा।
29 सितंबर, 2008 को महाराष्ट्र के नासिक जिले के मालेगांव शहर में एक मोटरसाइकिल विस्फोट में छह लोगों की जान चली गई और 100 से अधिक अन्य घायल हो गए थे। भोपाल से बीजेपी सांसद साध्वी प्रज्ञा सिंह ठाकुर को 2008 में मालेगांव बम विस्फोट मामले में महाराष्ट्र एटीएस ने गिरफ्तार किया था। मामले में प्रज्ञा ठाकुर के अलावा अन्य आरोपी समीर कुलकर्णी, सेवानिवृत्त मेजर रमेश उपाध्याय, सुधाकर चतुर्वेदी, अजय राहिलकर और सुधाकर धर द्विवेदी हैं।
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आगामी लोकसभा चुनाव के लिए मौजूदा सांसद प्रज्ञा सिंह ठाकुर को बीजेपी ने हटा दिया है। उन्होंने 2019 के लोकसभा चुनाव में कांग्रेस नेता दिग्विजय सिंह के खिलाफ 3,64,822 से अधिक वोटों के अंतर से भारी जीत दर्ज की थी। प्रज्ञा सिंह को 8,66,482 वोट मिले थे, जबकि मध्य प्रदेश की पूर्व मुख्यमंत्री को 5,01,660 वोट मिले थे। इस लोकसभा चुनाव में भगवा पार्टी ने भोपाल से स्थानीय नेता आलोक शर्मा को मैदान में उतारा है।
